| Kaitseala | Tüüp | Pindala (ha) | sh akvatoorium (ha) |
| Endla LKA | LKA | 7 591 | 0 |
| Haanja LP | MKA | 16 900 | 0 |
| Hiiumaa Laidude MKA | MKA | 2 663 | 2 135 |
| Karula RP | RP | 11 045 | 0 |
| Kõrvemaa MKA | VK | 20 720 | 0 |
| Lahemaa RP | RP | 72 500 | 25 140 |
| Matsalu LKA | LKA | 48 610 | 28 480 |
| Naissaare LP | MKA | 1 883 | 0 |
| Nigula LKA | LKA | 4 656 | 0 |
| Otepää LP | MKA | 22 430 | 0 |
| Soomaa RP | RP | 36 890 | 0 |
| Viidumäe LKA | LKA | 1 846 | 0 |
| Vilsandi RP | RP | 23 756 | 16 240 |
| KOKKU | 271 490.0 | 71 995 |